Hallo und herzlich Willkommen hier bei uns 
Erst mal - schön dass Euch die CB 1100 gefällt, das ist schonmal gut.
Wie so oft im Leben ist alles realtiv- auch das Empfinden über bestimmte Eigenschaften und was man erwartet.
Die CB 1100 fährt sich nach einhelliger Meinung sanft und ist eher unspektakulär in ihren Reaktionen. Vieles liegt dabei aber im Auge (oder Ohr...) des Betrachters und ist schwierig aus der Entfernung zu beurteilen, ob normal oder nicht.
Es KANN normal sein, dass Lastwechselreaktionen (angasen / Gas wegnehmen) im Betrieb sich im Antriebsstrang bemerkbar machen -sei es durch einen sanften Ruck mit oder ohne Geräusch. Wie du schon richtig bemerkst, spielt das Kettenspiel eine wichtige Rolle dabei. Die CB hat schon mächtig Kraft, und das spürt man derweil.
Es KANN natürlich sein, dass etwas nicht mehr als normale Erscheinung bezeichnet werden kann, das sollte aber ein fachkundiger Händler ermitteln können. Ich gehe jetzt davon aus, dass der Yamaha-Mann das einzuschätzen weiß.
Auch die Vibrationen sind je nach persönlichem Empfinden anders; ich merke zum Beispiel nix derartiges.
Ob der Vorbesitzer das Bike malträtiert hat, wird nur er wissen. Warum hat er sie denn in Zahlung gegeben? Ich vermute mal für eine XJR1300. Weil ihm der Bums der CB nicht gelangt hat? Was sagt der Händler zum Vorbesitzer?
Wenn du Zweifel hast, dann eher Finger weg. Ansonsten wartet eines der schönsten Bikes der Welt auf Dich...
Gruß
Gustav